Los Reyes Católicos, Isabel y Fernando, decidieron recuperar Setenil, plaza fronteriza entre los reinos cristiano y moro, como paso previo de la reconquista del reino nazarí de Granada.
Sabían las dificultades que iban a tener, otros reyes castellanos anteriores habían fracasado en el intento, y por ello dispusieron un ejército numeroso y fuerte, dotado con las más modernas y potentes armas de la época.

Asentaron su real bien cerca de la villa, en un lugar alto desde donde sus gruesas lombardas dominaban las defensas de la fortaleza mora. Detrás, en la retaguardia,  se instalaron las seis tiendas que “se decían el hospital de la Reyna para los dolientes é fétidos”, llamadas así porque eran pagadas por la reina Isabel de su propio bolsillo.

En pocos días el alcaide moro, amedrentado por los daños que ocasionaban los cañonazos, rindió la población.

El Rey Fernando dejó por capitán mayor a Don Francisco Enríquez  con hombres a caballo y a pie suficientes para guardar Setenil cristiano.

Estos primeros cristianos cumpliendo el mandato de los Reyes Católicos, recogido en las reales Ordenanzas –e la Ermita de San Sebastián Mártir que nos hemos de mandar hacer, ocho caballerías de tierra…-  edificaron una capilla o ermita en el lugar que estuvieron las tiendas portátiles del hospital de la reina, una de las cuales, probablemente, estaría habilitada como lugar de culto y de acogimiento al Santísimo. 

Setenil fue reconquistado el martes 21 de septiembre de 1484, y aparroquiado entonces mismo y la ermita de San Sebastián es la primera sede de la parroquia hasta la construcción de la Iglesia Mayor.

Sebastián -nacido en el siglo III- era un joven soldado romano, estimado por el emperador,  que no obstante  ordena que sufra el martirio dos veces, -primero asaetado y después apaleado- por no aceptar las costumbres paganas de los romanos, negarse a adorar a los ídolos y llevar el consuelo de la palabra de Cristo a los cristianos cautivos que esperaban el martirio. Los cristianos para la poderosa Roma eran ateos, enemigos peligrosos  del estado, a los que había que perseguir y eliminar por su fe.

El santo  Sebastián, defensor de la Iglesia, goza de una gran devoción en el mundo cristiano, siendo innumerables los lugares que lo tienen como patrón -Huelva, Palma de Mallorca, San Sebastián, Setenil…-
En estos días se está restaurando su Capilla, la situada junto la Piedad de Miguel Ángel en la Basílica de San Pedro, porque en ella reposarán los restos del Papa Juan Pablo II  una vez beatificado.

Nuestra vieja Ermita, consagrada a San Sebastián Mártir, es de pequeña proporciones, de estilo gótico tardío, de líneas sencillas y austeras, de una sola planta rectangular a la que se accede por una entrada por la fachada norte. Su presbiterio esta cubierto por una bóveda de nervios simples.  En el altar mayor hay tres nichos para las imágenes.

En la cubierta una espadaña-campanario muy pequeña rematada con una cruz y albergando una campana,  sujeta al yugo, sin badajo. A izquierda del altar mayor hay una  capillita anexa a la ermita, edificada en enero de 1796, para situar en ella la imagen del Crucificado de la Vera Cruz.

Desde esa lejana fecha, septiembre de 1484, hasta hoy, la Ermita en la madrugada del viernes santo es punto de partida de la más  hermosa manifestación pública de fe de Setenil, la procesión del Silencio. En un principio eran clérigos los que llevaban a mano un crucifijo pequeño en procesión, más tarde tomaron el relevo cristianos viejos y bien probados que ya portaban el Crucificado a hombros desde la Ermita hasta la Iglesia Mayor.

En los desgraciados días de la guerra civil del año 1936 sufrió daños en su modesta estructura, no  así las imágenes que se veneraban en su interior, el Crucificado, el Señor Resucitado,  Ntra Sra de la Salud y San Sebastián, tallas que fueron puestas salvo por personas piadosas.

La ermita de San Sebastián Mártir es la primera edificación cristiana de Setenil, donde se acunó el cristianismo  y donde se sintetizan las raíces históricas, religiosas y culturales de nuestro pueblo.

En la actualidad las inclemencias del tiempo, favorecidas por  la naturaleza de los materiales con que fue construida, han hecho mella en los muros y en la cúpula. Se han perdido la sacristía  y la vivienda.  La cubierta y el interior del templo necesitan una profunda rehabilitación.